A Rock Is Dead Tour befejeztével, és pár betétdalt követően a banda újult erővel látott hozzá a Holy Wood (in the shadow of the valley of death) című, az Antichrist Superstar-ral elkezdett, és a Mechanical Animals-szal folytatódott album-trilógia befejező lemezének elkészítéséhez. Manson még tavasszal azt nyilatkozta, hogy szerinte ez az eddigi legerõszakosabb, egyszersmint a legszebb albumnak igérkezik. "Ez lesz valószinûleg a legsötétebb, legdurvább zene, amit valaha is játszottunk. Felhasználtuk a legutóbbi album melodikus rock elemeit és ezt konbináltuk az Antichrist Superstar lemez nihilistább megközelítésével. Több mint 35 nóta közül válogattuk ki a lemezre kerülõket. Egy olyan világ kísérõzenéje lesz, amit eladtunk a srácoknak, akik aztán azt szépen le is rombolták. De pontosan ezt érdemli ez a világ."

Marilyn Manson pillanatok alatt Eminem legjobb haverjává vált. "Eminem lemeze fontos szerepet játszik a szólásszabadságért vívott harcban, ez a srác nem fél attól, hogy bárkinek azt mondja: fuck off!" - nyilatkozta. Manson akkor szerelmesedett bele a rapperbe, amikor az a "The Way I Am" címû számban és annak klipjében megemlékezett a halálmadárról: "When a dude's getting bullied and shots up his school /They blame it on Marilyn, on Marilyn and the heroin". Az első kislemez október végén jött ki, és a Disposable Teens című nótát tartalmazta pár feldolgozással társulva. Még októberben készült el a Blair Witch 2: Book of Shadows című filmhez készített átdolgoza, a Suicide is Painless. A várva várt album november 14-én került a boltokba, és rögtön sok helyen be is szűntették az árusítását a lemezborítón látható illusztráció miatt. Az eredeti lemezborítón ugyanis Marilyn polgárpukkasztó modorához hûen egy feszületen lóg, s állkapcsa sincs egészen sértetlen állapotban. Bizonyos helyeken úgy döntöttek, hogy így nem jelenhet meg az album, ezért valahogy letakarták Manson arcát. Marilyn Manson a következõ képpen nyilatkozott a döntéssel  kapcsolatban:  "Az az egész iróniája, hogy a fotó direkt azért készült  ilyen meg-közelítéssel, hogy megmutassa, Krisztus  megfeszítése tényleg egy erõszakos tett volt. Így a kép sem  lehet más. A hiányzó állkapocs pedig pontosan a cenzúra  erõszakos jelképe. Nem zavar ez az egész ügy, sõt kifejezetten szórakoztat, mert akik megtámadtak, azok  pontosan bizonyították az állításomat." Az új albummal új turné is kezdődött Guns, God and Government World Tour névvel, a lemezkiadással egy időben. Az új turnéval jöttek az új botrányok is, például a St. Louise-i koncert alkalmából a választási napon, Mansont majdnem bekasznizták. a hatóságok szerint lázító szövegeket mondott, majd felgyújtotta az USA zászlaját. A Disposable Teens klipjét követően újévkor már a Fight Song klipje is készülődött.

Manson és Rose  McGowan Már több mint 3 éve jártak és 2 éve jegyesek voltak, amikor végül is szakítottak, Rose annyit nyilatkozott, hogy "Nagy a szerelem, de mégnagyobb a távolság, az életformánk egyszerûen nem illik össze"...

Manson-t lecsukták Rómában. Manson beszámolt egy levélben arról, hogy Rómában van, körülnézett, megnézte a Vatikánt, a Colosseumot stb, stb, és hogy mindez nagyon tetszett neki (a képeken látható, hogy jó turista módjára jól le is égett) Sõt, arról is beszámolt, hogy koncertjegyet is küldött a Pápának. Nos ezt lehet, hogy nem kellett volna, mert este a koncert után lecsukták (nem a pápa miatt) hanem mint már annyiszor: megsértette a felnõtt szórakoztatás törvényeit. A probléma ezúttal a ruhájával volt, ugyanis az olasz törvények szerint ez már túl sokat mutatott. (egy kicsit el volt szakadva csípõtájékon, de semmi "lényeges" nem lógott ki...) A zsaruk a koncert után kapcsolták le, az éjszakát a fogdában töltötte, másnap már koncertezett.

A Guns, God and Government World Tour  március 21-én Japánban, Nagoyában véget ért. Manson szerint ez volt a legjobb turné amit valaha is végigcsináltak. A közönség nagyon jó volt, és nem voltak olyan nagy zűrök sem. Bizony, bizony, ez volt a valaha látott legcsendesebb Marilyn Manson turné. 2000. október 27-én indítottak Minneapolis-ban. 69 állomás volt, ebbõl 41 az USA-ban, amiből 2 elmaradt, tehát 39 koncertet adtak az Államokban, 21-et Európában, 7-et pedig Japánban. A fellépések között átlagban 2-3 naponta volt egy 1 napos szünet. És voltak nagyobb szünetek, az elsõ karácsonykor volt 2 hét, a második az amerikai és az európai turné között, 1 hét, a harmadik pedig az európai ázsiai dátumok között- 2 hét. Érdekességnek számított a moszkvai koncert, amit a banda nagyon-nagyon várt, és marhára élvezett, valamint az, hogy a problémák, tiltakozások Európában voltak, nem pedig az USA-ban. A 3 olaszországi koncert miatt mentek a tiltakozások, sőt Mansonnak még egy éjszakát is a börtönben kellett töltenie a "felnőtt szórakoztatás szabályainak megszegése" miatt (letólta a nadrágját- amit egyébként minden koncerten eljátszik). A másik probléma Lengyelországban volt, ahol Varsó polgármestere személyesen szólalt fel a néphez, hogy ne engedjék el gyermekeiket a koncertre. Mindezektől függetlenül, mindenütt teltházas koncertek voltak, a jegyek elkeltek, átlagosan 9000 ember volt 1 koncerten. Baleset is csak egy történt, New York-ban sikerült eltörni Ginger Fish kezét, de mindez nem akadályozta meg a "szuperdobost" hogy a következõ koncerteken részt vegyen. (Érdemes azt tudni, hogy Manson-t az előző turnéja alatt összesen 3-szor kellett kórházba szállítani... egyszer leesett a plátós cipõjérõl és kificamította a bokáját, egyszer leesett a színpadról és elájult, egyszer pedig csak úgy spontánul vesztette el az eszméletét kábitószer és alkohol miatt) Tehát Manson ezúttal megúszott minden bajt... Nem voltak oltári verekedések (amik eddig gyakran előfordultak), a koncerteken nem volt haláleset, nem folyt vér (Mansoné sem), minden tiszta volt és zökkenõmentes. Manson szíve még össze is tört, hiszen elhagyta a menyasszonya közvetlenül az európai turné kezdete elõtt, de mindez nem volt érezhető, sőt, mintha Manson még zizisebb is lett volna. A pódium maradt, ezúttal a Love Song-ot üvöltötte az emelvényrõl. A ruhák az idõ alatt változtak, volt az a lófarok a vállán, volt cowboy kalap, volt vastag- hosszú bunda, volt fekete nadrág- szegecses kesztyű, volt SS tiszti sapka, a fûzõ természetesen, ami minden koncerten rajta volt, és az utóbbi idõben egy agyonszaggatott harisnyaszerű valami volt rajta, amiből kilógott a fél segge. Mindezeket együtt véve, a turné sikeresnek mondható, attól függetlenül, hogy nem vert túl nagy port...

A turné végeztével elkészítették az album harmadik, és egyben utolsó videoklipjét, a The Nobodies-t. Egy kis pihenő után folytatódott is a munka, ugyanis Manson 2001-ben részt vett az Ozzfesten, melyen 1997 óta az őt ért kellemetlenségek miatt nem vett részt. Itt történt meg, hogy egy augusztusi koncerten egy, a színpad mellett álló biztonsági őr fejéhez dörzsölte a nemi szervét, amiért az be is perelte őt. A végeredmény pár ezer dollár „kártérítés” lett.

Az év vége fele jött ki a Not Another Teen Movie című film, és vele a filmzene, melyen megtalálható a Tainted Love című Soft Cell átdolgozás. A számot külön kislemezként is kiadták 2002 elején. Manson a Tainted Love-hoz klippet is csinált, melyben mint hip-hop-os, divat-gótikus csillag díszeleg. Érthető is, hogy sokunknak miért nem tetszett. A Resident Evil-ben Manson is érdekelt volt, ugyanis 4 száma is felkerült a betétdalok közé. A Queen of the Damned filmhez is készített egy számot Jonathan Davis-szel.