Ahogy  a ’96-os esztendő megkezdődött, híresztelések keltek szárnyra a formáció második albumáról, az Antichrist Superstar-ról. A lemezfelvételek Trent Reznor New Orleans-i otthonában zajlottak szervezett önkínzással különlegessé téve. Az albumot október 8-én adták ki. A sajtó tele volt pozitív kicsengésű lemezrecenziókkal, a kritikusok általánosan egyetértettek abban, az Antichrist Superstar egy sötét és kidolgozott alkotás, érettebb, nagyobb mélységekbe kalauzol az előző lemezekhez képest. Viszont az sem számított titoknak, hogy az Apokalipszis megzenésítése heves reakciókat váltott ki az USA-ban. „Sokkolni túl könnyű, én gondolkodásra akarom késztetni az embereket. Remélem, hogy a zeném hatással lesz a kreativitásukra, és fokozni fogja azt!”-jegyezte meg Manson. Néhányan már gyászolták az erős, sötét hangzás eltűnését, illetve a régi dalokat jellemző fanyar humor elvesztését. Mások nekiálltak vadul elemezgetni a CD-t, gyakorta felemlegetve Marilyn kijelentéseit arról, hogy a Kabbalát, a számmisztikát és más okkult rendszereket használta az anyag elkészítésekor. Legalább ilyen alaposan vizsgálták a misztikus, összetett csomagolást is, akárcsak a szerzeményeket. Nagyon sok időd szántak a belső borítón fellelhető számkódok, különféle jelek és jelképek megfejtésére is, de hasonló figyelmet érdemelt Dean Karr ámulatba ejtő fotósorozata is. A jelenet Mansont ábrázolta, amint féreggyermekből diadalmas, rovarszárnyú angyallá alakult át.   A CD-hez társuló fényképeken még nem jelentették meg az újdonsült gitárvirtuózukat, a gótikus kinézető Zim Zumot. A Dead To The World Tour a kvintett leghosszabb turnéjának számított 18 hónapjával. Zim debütálása a ’96-os Nothing Night show keretében szeptember 5-én került sor, ám a koncertet félbe kellett szakítani, mivel az énekes egy mikrofonállvánnyal eltalálta dobosát Ginger Fisht, akit egy napra azonnal a kórházba szállítottak.

1996 októberében a banda kiadta az Antichrist Superstar albumhoz tartozó első maxi-lemezét is, a The Beautiful People debütáló dallal, és még jópár remix társaságában. Az album rögtön az LP listán a 3. helyet szerezte meg, és evvel egy időben elindult a napjainkig tartó kritikaáradat Mansonról és a bandáról. Ezután nem sokkal jött a 2. maxi is, mely többek között a Tourniquet című számot tartalmazta. A The Beautiful People-höz és a Tourniquet-hez is készült igen sokkoló, durva klipp, melyek a zenecsatornák éjjeli műsoraiban voltak főként láthatóak.

A szokásos módon 1997 is a vad extrémitás éve volt a Marilyn Manson számára. Imádták, követelték őket, beturnézták a világot, eljutottak mindenhova…

A Dead To The World Tour során a díszlet fő kellékét egy 15 láb magas, festett üvegablak képezte, amelyen Jézust a törvény előtt ülve ábrázolták, az emelvény két szélére pedig törött, gótikus boltíveket állítottak. Az üvegablak elé egy hosszú lépcsősort helyeztek, ezen vonult be Mr. Manson a műsor elején, viszont igénybe vette más számok közben is. A show során a háttérdíszletet kétszer cserélték, volt, hogy az üvegablak helyett három hosszú zászló vált láthatóvá a sokk-szimbólummal ( fekete alapon vörös körben hasonló színű villámszerű nyílvessző, ami az elektromos áramütésre figyelmeztető nemzetközi jelzés is egyben, mellesleg az Antichrist Superstar album és a turné hivatalos emblémája is volt ), továbbá ezt váltotta meghatározott időpontokban az Óriási Anti-zászló. Vagyis az amerikai lobogó a csillagok mezejében a sokk-szimbólummal. Egy magas pódium is fokozta a látványt az Antichrist Superstar című szám előadásakor, illetve bevetettek hógépeket az Apple of Sodom, illetve a Man That You Fear alatt. Kosztümjeiket a zenészek koncertenként háromszor-négyszer cserélték, a hangszeresek katonai egyenruhában, fénylő fémsisakokban pompáztak, Twiggy női öltözékben (mint mindig…), míg Manson vörös és fekete színű pokoli gengszter öltözékben jelent meg, gólyalábakat csatolt fel és régi, bőr pilótasapkát húzott a fejére fejmikrofonnal a Kinderfeld elhangzásakor. Ráadásul folyatta a vért, esténként egy Bibliát széttépett, Ginger dobfelszerelését szétverte, ha olyan hangulatban volt, szabályosan megtámadta társait, megdobálta őket kedvenc vörösborával. Szexre, állatáldozatra, a Sátán megidézésére azonban abszolút sohasem került sor. Egyedül az „Anti Sátán” neve hangzik el az 1996 című nótájuk dalszövegében, ezen kívül semmi. Manson: „Nem akarom, hogy az emberek tévesen a Sátán Egyháza szószólójának tartsanak.”…

1997 szeptemberében jelölték a bandát a Legjobb Hard Rock Videónak járó díjért, melyet a Sweet Dreams-ért kaptak volna, valamint nyertek még egy Év Bandájának járó Slammie-t (dél-Floridai). Novemberben Marilyn Manson volt a fő téma az amerikai Szenátusban, amikor sokat tárgyaltak napjaink zenéjének hatásáról az amerikai fiatalokra. Egy apa is felszólalt, akinek 15 éves fia megöngyilkolta magát, miközben a Marilyn Manson-t hallgatta, és arra próbált rámutatni, hogy a banda zenéjének része volt fia öngyilkosságában. A gyereket úgy találták meg, hogy a fülében az Antichrist Superstar szólt. Manson ere azt nyilatkozta: „Nyilvánvalóan, feldob, hogy valaki azt gondolja rólam, hogy támogatom az efféle viselkedési módot. Szerintem azok ostobák, akik kárt tesznek magukban vagy másokban zene, film vagy könyv hatására. Ha pedig így viselkednek, akkor ez ellen nem tehetsz semmit. Ez egy figyelmeztető jel a szülőknek, hogy neveljék a gyerekeiket, úgy, hogy intelligensebbek legyenek, annyira, hogy elég intelligensek legyenek a művészet értelmezésére. Ha valakit meg akarsz vádolni, akár zenét vagy egy művet, akár Shakespeare-t is megvádolhatod a Rómeó és Júliáért, mely olyas valami, amit még gyerekként tanultam, és ez a mű két fiatalról szól, akik megölték magukat, mert a szüleik nem értették meg őket, és szerintem a kulcs itt is az, hogy a szülők nem szentelnek elég figyelmet, nem értik meg gyerekeiket. Ha kicsit több időt szentelsz annak, hogy a gyerekeiddel beszélgess, azok boldogabb életet fognak élni.”

A Remix & Repent és még e hónapban jelent meg, a The Horrible People ütemes, indusztriális remixével, a Tourniquet Prosthetic Dance Mix-szel, mely egy lassú, szenvedő, drogok hatása alatt lévő mazochizmus megtestesítője, majd találhatunk két darab kitűnő élő felvételt; a Dried Up, Tied and Dead to the World Uticá-ban felvett élő verzióját (No#1) valamint az Antichrist Superstar Hartford-i felvételét, mely szintén kifogástalan, kemény minőségű. Hallhattunk tőlük több betétdalt is; A Long Hard Road Out Of Hell-t, mely a Spawn-nak volt a betétdala, az Apple of Sodom-ot, mely a Lost Highway filmzenéje és a The Suck for Your Solution-t, mely a Private Parts filmzenealbumon szerepelt.